Genome-wide association analyses of borderline personality disorder identify 11 loci and highlight shared risk with mental and somatic disorders

Fabian Streit Et al.

Nature genetics

20 July 2026

マンハッタンプロット図で境界性パーソナリティー障害との関連性の多いのは、次の9つの遺伝子。韓国人ども固有の遺伝子変異数は次のとおり。特記なければ全てSNV-1。

CCDC71=9
DEPDC1B=42
SGCD=292
FOXP2=166
EXD3=163,　他にSNV-1/nsが4
MVK=15、他にSNV-1/nsが1
MMAB=5
PCYT1B=11、他にSNV-1/nsが1
BPTF=56

EXD3のSNPは8万程度検出されており、手作業でざっと見ると、

①rs763146329 [Homo sapiens]

C>A

A=0./0 (ALFA)
A=0.000015/21 (GnomAD_exomes)
A=0.0000302/8 (TOPMED)
A=0.0000335/4 (ExAC)
A=0.0000335/5 (GnomAD_genomes)
A=0.0001162/9 (TOMMO)
A=0.0001562/1 (1000Genomes_30X)
A=0.0003427/1 (KOREAN)
A=0.0013824/10 (Korea4K)
A=0.0016376/3 (Korea1K)

変異パターンは同じであるが、頻度が一桁異なる。

②rs764009655　
C>A,G,T　
T=0./0 (ALFA)
T=0.000027/4 (GnomAD_genomes)
T=0.000054/1 (ExAC)
A=0.000138/1 (Korea4K)

NCBIデータ上、rs764009655　の　C>A置換変異は、韓国人固有の置換変異である可能性を示している。しかし、日本人・ベトナム人がないと確定できない

③rs771592009 　
C>G,T　
G=0.00025/10 (ALFA)
T=0.00055/4 (Korea4K)
T=0.00068/2 (KOREAN)
G=0.00134/6 (Estonian)
C=0.5/1 (SGDP_PRJ)

NCBIデータ上、rs771592009 　の　C>T　置換変異は、韓国人固有の置換変異である可能性を示している。しかし、日本人・ベトナム人がないと確定できない

④rs3934682　
T>C,G　

T=0.376958/3514 (ALFA)
T=0.251163/108 (SGDP_PRJ)
T=0.270089/1210 (Estonian)
T=0.277778/60 (Qatari)
T=0.314995/1168 (TWINSUK)
T=0.315776/1217 (ALSPAC)
T=0.319167/47439 (GnomAD_genomes)
T=0.321523/85104 (TOPMED)
T=0.348333/209 (NorthernSweden)
T=0.353529/2264 (1000Genomes_30X)
T=0.357228/1789 (1000Genomes)
T=0.38/19 (Siberian)
T=0.4/16 (GENOME_DK)
C=0.458131/35463 (TOMMO)東北大データ
C=0.47097/1379 (KOREAN)
C=0.473333/852 (Korea1K)
C=0.475014/3422 (Korea4K)

NCBIデータ上、rs3934682　の　T>C置換変異は、東アジア人固有の置換変異であるかもしれない。

⑤rs6422889　

C>T　
C=0.32765/51042 (ALFA)
C=0.268868/114 (SGDP_PRJ)
C=0.270982/1214 (Estonian)
C=0.315264/1169 (TWINSUK)
C=0.315776/1217 (ALSPAC)
C=0.318637/318 (GoNL)
C=0.319444/69 (Qatari)
C=0.348333/209 (NorthernSweden)
T=0.350467/75 (Vietnamese)
C=0.352944/52607 (GnomAD_genomes)
C=0.358706/94946 (TOPMED) C=0.375/15 (GENOME_DK)
C=0.38/19 (Siberian)
C=0.389007/729 (HapMap)
C=0.394129/2524 (1000Genomes_30X)→逆に言えば、T=0.61のはずである。
C=0.397165/1989 (1000Genomes)→T=0.61のはずである。
T=0.458357/35497 (TOMMO)
T=0.472014/1383 (KOREAN)
T=0.477732/3454 (Korea4K)

NCBIデータ上、rs6422889　　の　C>T置換変異は、ベトナム人も頻度が高く、東アジア人固有の置換変異であるか、又は、高頻度でにもかかわらず、東アジア人は頻度が大きく異なる。

⓺rs6422890
C>T　
C=0.345883/7662 (ALFA)
C=0.270536/1212 (Estonian)
C=0.270732/111 (SGDP_PRJ)
C=0.314815/68 (Qatari)
C=0.315264/1169 (TWINSUK)
C=0.315789/24 (PRJEB36033)
C=0.316814/1221 (ALSPAC)
C=0.318637/318 (GoNL)
C=0.348333/209 (NorthernSweden)
T=0.349057/74 (Vietnamese)
C=0.375/15 (GENOME_DK)
C=0.376506/56137 (GnomAD_genomes)
C=0.38/19 (Siberian)
C=0.386108/102199 (TOPMED)
C=0.420987/2696 (1000Genomes_30X)→Ｔ＝58％のはずである
C=0.421126/2109 (1000Genomes)
C=0.429704/813 (HapMap)
T=0.457711/35447 (TOMMO)
T=0.472355/1384 (KOREAN)
T=0.476493/3446 (Korea4K)


⑦rs6606579もT>C置換変異で上記と同様のパターンであり、頻度も高い

⑧rs6606580もA>G置換変異で上記と同様のパターンであり、頻度も高い

⑨rs6606589もC>T置換変異で上記と同様のパターンであり、頻度も高い

⑩rs6606590 もA>G置換変異で上記と同様のパターンであり、頻度も高い

⑪rs7466589もC>T置換変異で上記と同様のパターンであり、頻度も高い

⑫rs9414737もＴ>Ｃ置換変異で上記と同様のパターンであり、頻度も高い

⑬rs9695232もA>Ｃ置換変異で上記と同様のパターンであり、頻度も高い

⑭rs9696607もＴ>A,Ｃ置換変異で上記と同様のパターンであり、頻度も高い

＊EXD3遺伝子に生じているSNVがBPDボーダーラインパーソナリティー障害の疾患感受性変異であることは、この論文により確実である。

＊各SNVについては、
①EXD3遺伝子に高頻度で東アジア人固有の置換変異が生じているかもしれない　又は、高頻度で頻度が異なる可能性が高いようにＮＣＢＩでは表示されてくる？？？
（私の手作業での結果）
②しかし、韓国人どもに関しては、①の上に、サンプル中の個体固有～7個体レベルの低頻度で、韓国人ども固有の置換変異が生じている。
つまり、韓国人どものBPDは、遺伝的に見れば二段階で生じている
＝東アジア人固有のEXD3遺伝子の高頻度変異又は頻度の差→朝鮮人固有の低頻度の変異
③私の目線では、南・北朝鮮は明らかに正常な連中とは思えない。＝BPDボーダーラインパーソナリティー障害又は印象的にはそれに近い者があまりにも多すぎる。
その根本原因が、連中に生じている集団構成員が有する朝鮮人固有の遺伝子変異であることは確実。「制御不能な激怒」が連中の精神的形質の特徴と頻繁に指摘されるものの、関係は全く不明。


＊下記ＮＣＢＩデータSNVでは韓国人固有の変異のように見えるものの、日本人・ベトナム人データがなく、かつ、置換変異頻度も高いため、韓国人固有の変異ではない可能性が極めて高い。

rs7468932
T>C,G

T=0.365484/6904 (ALFA)
T=0.24/12 (Siberian)
T=0.267606/114 (SGDP_PRJ)
T=0.327014/48727 (GnomAD_genomes)
T=0.327727/86746 (TOPMED)
T=0.342593/74 (Qatari)
C=0.357582/1047 (KOREAN)
C=0.375519/2715 (Korea4K)
T=0.383225/1421 (TWINSUK)
T=0.387258/2480 (1000Genomes_30X)
T=0.397165/1989 (1000Genomes)
T=0.398798/398 (GoNL)
T=0.405812/1564 (ALSPAC)
T=0.411667/247 (NorthernSweden)
T=0.415402/1861 (Estonian)
T=0.475/19 (GENOME_DK)
2026/7/24
EXD3 のSNPをNCBIサイトで出てくるSNVをサンプル的に220（11ページ目、220まで）調べた結果であり、今後も暇なときに継続すること。


Abstract

Borderline personality disorder (BPD) is a severe mental health condition influenced by environmental risk factors (for example, interpersonal trauma) and genetic factors. We conducted the largest genome-wide association study (GWAS) meta-analysis of BPD so far, with a discovery sample of 12,339 cases and 1,041,717 controls, and a replication study of 685 cases and 107,750 controls (all participants of European ancestry). We identified 11 independent associated genomic loci and 9 risk genes in gene-based analyses. 

Results 

Gene-based association analyses using MAGMA (v.1.07)21,22 implicated nine genes, including CCDC71 and DEPDC1B, in addition to SGCD, FOXP2, EXD3, MVK, MMAB, PCYT1Band BPTF already implicated by the genome-wide SNP associations (Extended Data Fig. 1, Supplementary Fig. 25 and Supplementary Table 8).

Table 1

Locus

CHR

SNP

BP

Locus (start‥stop)

A1/A2

FRQ case

FRQ control

OR

s.e.

P

OR repl.

Prepl.

OR comb.

s.e. comb.

Pcomb.

Mapped genes

Comb. 1

1

rs2143288

169084340

169082360‥169084340

G/A

0.858

0.868

0.89

0.022

1.06 × 10−7

0.86

0.035

0.89

0.021

1.23 × 10−8

LINC00970(0.0), LOC101928596(0.0), ATP1B1(0.0), NME7(0.0)

1

1

rs9970854

191125935

191005935‥191148335

G/A

0.595

0.597

0.92

0.015

1.99 × 10−8

0.93

0.183

0.92

0.014

7.42 × 10−9

LINC01680(14.4)

Comb. 2

2

rs12466671

22583435

22548735‥22606235

A/G

0.587

0.599

0.93

0.015

6.80 × 10−7

0.85

0.002

0.92

0.014

2.16 × 10−8

-

2

3

rs6549383

71266885

71261185‥71267720

T/C

0.503

0.503

1.09

0.015

1.53 × 10−8

1.02

0.664

1.08

0.014

2.45 × 10−8

FOXP1 (0.0)

3

5

rs2135029

155856538

155743538‥155868438

A/G

0.594

0.599

0.92

0.014

1.41 × 10−8

0.92

0.141

0.92

0.014

4.30 × 10−9

SGCD (0.0)

4

7

rs4727799

114110568

114021868‥114224568

T/C

0.663

0.67

1.10

0.015

6.92 × 10−10

1.15

0.015

1.10

0.015

4.05 × 10−11

FOXP2 (0.0)

Comb. 3

7

rs10953781

114974695

114963595‥115112695

C/T

0.528

0.534

1.08

0.014

7.13 × 10−8

1.06

0.313

1.08

0.014

4.38 × 10−8

-

5

9

rs73581580

140251458

140242728‥140278158

G/A

0.836

0.839

0.89

0.019

8.09 × 10−10

0.98

0.798

0.89

0.019

1.45 × 10−9

NRARP (−4.8), EXD3 (0.0), NOXA1 (16.4)

6

12

rs7304862

109988891

109851891..110050091

G/T

0.529

0.513

1.09

0.014

5.71 × 10−10

1.09

0.114

1.09

0.014

1.68 × 10−10

MYO1H (-52.7), KCTD10(−23.5), UBE3B(0.0), MMAB(0.0), MVK (0.0)

Comb. 4

17

rs7210027

65977053

65825053‥66098053

T/C

0.77

0.782

0.92

0.017

2.54 × 10−7

0.87

0.031

0.91

0.016

3.12 × 10−8

BPTF (0.0), C17orf58 (0.0), KPNA2 (4.7), LINC00674(70.6)

Comb. 5

X

rs5944622

24613189

24578589‥24933189

T/C

0.57

0.58

0.93

0.013

9.47 × 10−8

0.92

0.037

0.93

0.013

2.05 × 10−8

PDK3 (0), PCYT1B (0), PCYT1B−AS1(+5.0), POLA1(+48.8)

  1. Results of the variance-weighted meta-analysis are shown (two-sided significance test). Variants are sorted by chromosomal position. CHR, chromosome; Locus (start.stop), start and end of the boundaries of the region within r2 of 0.6 of the index SNP; A1, allele 1; A2, allele 2; FRQ, frequency of A1 in cases–controls; BP, base pair position; Comb., combined analysis; OR, odds ratio of A1; repl., replication analysis; s.e., standard error. Mapped genes, genes within r2 of 0.6 and 50 kb of the index SNP (distance to the 50 kb for boundary of the lead SNP in kb is indicated in brackets; genes in bold were also identified by the gene-based association tests). P values in bold indicate genome-wide significance (P < 5 × 10−8). OR, s.e. and P values are reported for the main analysis (ncases = 12,339; ncontrols = 1,041,717), the replication analysis (ncases = 685; total ncontrols = 107,750) and the combined meta-analysis (ncases = 13,024; ncontrols = 1,149,467) of the two datasets