The 1000 Genomes Project
2,500 sequenced individuals from 26 populations

found an unexpected high level of inbreeding in 1000 Genomes data: 

nearly a quarter of the individuals were inbred and around 4% of them had inbreeding coefficients similar or greater than the ones expected for first-cousin offspring.

Inbred individuals were found in each of the 26 populations, with some populations showing proportions of inbred individuals above 50%. 

Introduction

Overview of methods

In conclusion, we have shown that multi-point approaches provide reliable estimates of the genomic inbreeding coefficient f even when there are some admixed individuals in the studied population.

On the final phase (Phase III) of the 1000 Genome Project, we found that nearly a quarter of the individuals in this panel were inbred and that around 4% of them had inbreeding coefficients similar or greater than the ones expected for first-cousin offspring. 

This level of inbreeding was unexpectedly high and is much higher than the 4% of inbred individuals that we detected on HapMap III10.

下がTableS3の集団名と関係だけを取り出したもの。略語は下記の通りで間違いないと思われる

CO＝cousinいとこ婚、FS＝full siblings兄弟姉妹間、PO＝parent offspring親子間、祖父孫間
AV＝伯父姪婚、HS＝half siblings 異父又は異母兄弟姉妹間
目立つつのは
①CDX＝中国の少数民族であるタイ族（＝南方系アジア人の源流とされている）のいとこ婚の多さである。しかし、少数民族では文化人類学者の分析では、交叉いとこ婚が非常に多いことが知られており、人口の少なさからタイ族では交叉いとこ婚が多いと推定される
②日本人＝JPTはこの表ではゼロであるが、しかし、数値的にはtable1では4％となっており、日本人の遺伝的な均質性＝近縁性を反映していると考えられる。言い換えれば、江戸時代の田舎における近親婚の蔓延を反映していると推測される

計228事例
＊同父同母兄弟間→3例
＊異母同父又は同母異父兄弟間→1例
＊伯父姪間→3例
＊親子間（全てアフリカ又は南アジア）→8例