2020年05月

ケント・E・ホルジンガーがウェブ上で公表している集団遺伝学テキストから抜粋。(この章で、アリゾナ大学のハマー教授が、日本人2重構造説の論文で使用したΦst遺伝距離の正確な解説がある)

Chapter 35
Analysis of molecular variance (AMOVA)


chapter35_1


chapter35_2

where Hi is the average heterozygosity in individuals and Ht is the expected panmictic heterozygosity.
Defining Hs as the average panmictic heterozygosity within populations

In short, another way to think about Fst is
Fst =(Ht − Hs) / Ht
.
続いて、実例として、mtDNAのハプロタイプ分析を挙げているが、現在では意義が薄れているのでメモ省略する


司馬さんの紀行文であるが、いつものような歴史学者顔負けの鋭い洞察が見られないのが残念であった

p15
大阪は、この原野に人間がほとんど住んでいなかった頃、百済からの移住者が来て拓き、その頃百済郡という郡さえ置かれた。
今の生野区とか鶴橋、猪飼野あたりらしい。妙なことに、大正時代ぐらいから朝鮮人が大量に住み着いたところも生野区であり


p21
倭というのは、朝鮮音ではウェという。チビ人種という意味を含めた言葉で

p54
当時、朝鮮では中国のことを「天朝」と敬称していた

p59
日本書紀によれば、日本の応神朝に阿直岐(アチキ)という学者が百済から来たということになっている。
近江にはアチキをまつる阿自岐神社というのがあるそうだが、

p63
朝鮮の民間伝承でも「釜山・金海」当たりの連中は厳密には倭人であって韓人ではない」というのがあるそうだ。
siba


p64
日本の古記録では、この駕洛国のことを、任那という

p71
金大中氏の場合、どうやら金海金の宗家のような家柄であるらしく
(金大中は、全羅道出身とされているが、これが正しいのであれば、慶尚道である)

p73
日本書紀が任那としてよんでいる駕洛国のあたりの住民が、
倭人若しくはそれに似た民族の集団であり、日本列島に住む民族が彼らに対して人種的一体感を持っていたでありうということは否定できない

p91
「百済の男女二千人余人を以って、東国に居く」という日本側の記録は百済滅亡後すぐのことであり、
日本の奈良朝以前の文化は、百済人と新羅人の力によることが大きい

p99
この国には、仏国寺以外に古い仏教建築がほとんど残っていないからである

p159
対馬は、元寇のとき、元と高麗の連合軍に襲われ、島の男女は壱岐を含めておびただしく殺され、しかもその殺戮のされ方は残虐酸鼻を極めた

p161
「島夷ノ人」と称する沙也可は、そういう対馬武士のひとりではなかったろうか。
沙也可。彼の日本名は、沙也門に相違ない。
彼はよく戦い、朝鮮人に日本軍のみの兵器であった鉄砲の作り方と打ち方を教えた

p176
沙也可の子孫で構成されるこの金姓70戸の村は全ての家が両班なのである。沙也可の功績によるものといっていい。

p293
「天智紀」の四(665)年の項に「百済の男女四百人余人を以って、近江国の神前郡に居く」とある
「天智紀」の八年の項に、「男女7百人余人を以って、、近江国の蒲生郡に遷し居く」とでているのである

 



私がこれまで読んだ、イエスの歴史的事実に関する著作の中でも、出色の出来栄え。訳者によれば、多数の著作のあるプリンストン神学校のメソジスト派(=プロテスタントの主流派一つ)の牧師が書いた。

P344(訳者あとがきより)
著者が近年の多くの史的イエス研究者と共に強調するのは、ナザレのイエスをユダヤ教(正確には、紀元70年以前の第二神殿時代ユダヤ教)という枠内で理解すべきだという点である。

P21
福音書記者たちは、イエスの生涯と思想の目撃者ではなかった。
福音書記者たちが福音書を執筆したのは、紀元70年より少し以前、あるいはずっと後であった。

p39
福音書記者たちは、旧約聖書において約束されていたことを明らかにしようと試みた。その約束とは、神が世界を救うためにメシアを派遣されることである

p43
ある影響力のあるドイツ人が強調したようにイエスは「ユダヤ人ではなかった」イエスの生涯はユダヤ教の一部ではなく、ギリシャ・ローマ文化の一側面

p48
マタイとルカは、彼らが福音書を執筆する際、マルコと失われたイエスの言語資料(いわゆるQ資料)に依存した

p59
我々が彼について知っていることは「第二神殿時代ユダヤ教」内で理解できることである

p78
イエス或いは最初の弟子たちが創出した、とかつて考えられていた用語や概念が、今や紀元70年以前のユダヤ教思想の中にはっきりと確認されている

p87
マルコだけが明瞭にイエスが洗礼者ヨハネから洗礼を受けたと報告している

p112
「イエス研究」の学者たちは、客観的なイエスの伝記が不可能であることを広く認めている。

P113(最初の福音書であるマルコですら)
イエスと共にいたことは決してなかった

p143
除外された福音書には、トマス福音書、ペテロ福音書、マリア福音書、ユダ福音書などがある

(著者によれば、失われたQ資料以外で信頼しうる資料は次のとおり)

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p157
過去40年以上にわたって学者たちが広く学んできたのは、イエスをユダヤ教徒対立するものとして理解してはならない、ということであった

p158
イエスと彼の弟子たちは、根本的にユダヤ教[あるいはユダヤ人]的であったという点である

p159
イエスは最初のキリスト者だと想像されるべきではない。彼は、トーラー(聖書に記録されている律法)を尊寿する極めて敬虔なユダヤ人だった

p175
復活の信仰は、第二神殿時代のユダヤ教に頻繁に現れ、しかも一つのグループないしセクトに限定される信仰ではなかった

p185
かつて最初期のキリスト教と呼ばれていたものは、今やユダヤ教内の一現象として理解されるべきものであるとこは明らかである

p208
12歳から30歳までの間イエスは何をしていたのか?福音書書記者たちはそれに関する何の情報も提供していない

P218
イエスの誕生は、紀元前6(あるいは7)年というのが最も確実になる

p232
イエスの宣教活動は、ガラリアの小さな地域に集中している

p233
イエスより少し以前の時代から彼の時代まで、ガラリアは奇跡行為者の場所とみられていた

p235
これらの他のガラリアの奇跡行為者の光に照らしてイエスは理解されるべきである

p242
歴史家や社会学者なら、ほとんどすべてのユダヤ人が結婚しており、イエスは敬虔なユダヤ人なのだから、イエスはほぼ確実に結婚していたと強調するかもしれない

p269
イエス研究の専門家である多くの学者は、イエスが貧農(peasant)だったという点で意見が一致している

p295(一般的なキリスト教的解釈として)
イエスは聖書を成就するために苦難を受けられた、というのである。イエスが死んだのは、彼の死が神の意志であったからである。イエスは、人の子として苦しみを受け、人々の罪のために死ぬことになると自ら予言した

p337
問20 イエスの主要なメッセージは何であったか?
イエスは神の支配の開始を宣教し、神を「アッバ、父」として思い浮かべるように弟子たちに教えた




ケント・E・ホルジンガーがウェブ上で公表している集団遺伝学テキストから抜粋。<

Chapter 33
Evolution in multigene families
(この章は省略していい。私には必要ない)

Globin evolution

(Wikipedia より
グロビンは球状タンパク質の一群である。このタンパク質はグロビンフォールドを持っている。グロビンのうち有名なものはミオグロビンとヘモグロビンであり、共にヘムを含んでいるとともに、酸素の運搬に関わる。グロビンは、ヘムを含んでいる、酸素との結合や運搬に関わっているタンパク質である。多くの生物に存在し、非常にサイズが大きいのが特徴である。)

この後、古細菌と哺乳類の分岐に関する記述が続くが、省略

Concerted evolution

Two mechanisms that can result in concerted evolution have been widely studied: unequal crossing over and gene conversion. Both depend on misalignments during prophase. These misalignments allow a mutation that occurs in one copy of a tandemly repeated gene array to “spread” to other copies of the gene array. Tomoko Ohta and Thomas Nagylaki have provided exhaustive mathematical treatments of the process

(Wikipediaより
太田 朋子(おおた ともこ、1933年9月7日 - )は、日本の遺伝学者。国立遺伝学研究所名誉教授。Ph.D、理学博士。木村資生による、遺伝子の「分子進化の中立説」(Kimura 1968,1969)発表後、木村資生と共同で中立進化説の基礎固めを行い、その業績によりクラフォード賞を受賞した。)

この後、太田 朋子他による内容を簡略化したConcerted evolution=協調進化に関する説明が続くが、省略していい。

協調進化であるかどうかの判定用の数式が掲げられている


Chapter 34
Analysis of mismatch distributions


Remember when we were talking about Tajima’s D.
I pointed out that ˆθπ, the estimate of 4Nμ derived from nucleotide sequence diversity is less sensitive to demographic changes than ˆ θk, the estimate of 4Neµ derived from the number of segregating sites in the sample. I went on to argue that in a rapidly expanding population, mutation will not have “built up” the level of nucleotide diversity we’d expect based on the number of segregating sites, so that ˆ D = θπ −θk will be negative. In a population that’s suffered a recent bottleneck,
on the other hand, there will be more nucleotide diversity than we’d expect on the basis of the number of segregating sites, so that D will be positive.

(FDA論文から見た場合に朝鮮人男性に生じている奇妙な現象を集団遺伝学から説明できる根拠となりうるかもしれない!やはりボトルネック効果のようだ。朝鮮人以外の者が書いた論文探せ!!!)

Tajima's Dの定義式は、32章にあり、下記画像
chapter32_1
chapter32_2
chapter32_3


https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/story/newsletter/keywords/38/06.html

このページの解説によれば、(考案者本人による解説)
Tajima's D

田嶋 文生(生物科学専攻 教授)

DNAレベルの種内変異(DNA多型)の量は,ふつうπまたはθという統計量をもちいて推定される。πは塩基多様度といわれ,DNA配列間の平均塩基相違数に基づいている。いっぽう,θはDNA配列中の多型的な塩基部位数に基づいている。理想集団(集団の個体数が一定であり,各個体がランダムに交配している集団)においては,突然変異に自然選択がはたらいていない場合(すなわち中立である場合),πとθの期待値は等しい。この2つの変異量の差をもちいて自然選択の有無を検定するための統計量がDである。
Dは,2つの変異量の差(Difference)に由来する。しかし,集団遺伝学では,Dといえば連鎖不平衡係数(Coefficient of Linkage Disequilibrium)や遺伝的距離(Genetic Distance)を示す。これらのDから区別するため,のちにTajimaʼs Dとよばれるようになった。
この統計量は,πとθの差に基づいているので,自然選択がはたらいていないとD = 0が期待される。したがって,Dが0から有意に異なっていると自然選択がはたらいていると予想される。さらに,遺伝的変異を積極的に維持する自然選択(平衡選択:超優性選択や頻度依存選択)がはたらいているとD > 0となり,有害突然変異を排除しようとする自然選択(純化選択)がはたらいているとD < 0となる。したがって,どのような自然選択がはたらいているか,予想できる。考え方がひじょうに簡単であり,またDNA多型を調べるだけで,Dが計算できるため,広く使われるようになった。
Dは本来自然選択の有無を知るための統計量であったが,現在では集団の特性を調べるためにもちいられてもいる。理想集団の要件の1つは集団の個体数が一定であることだが,実際のところ個体数は,環境などの影響により増減する。集団の個体数が増加するとD < 0となり,減少するとD > 0となる。すなわち,Dから過去におきた個体数の増減を推測できる。理想集団のもう1つの要件は,ランダムな交配である。集団構造(集団が複数の分集団に分かれており,分集団間の移住が制限されている状態)があると,(ある個体は同じ分集団に属する個体とは交配しやすいが,別の分集団に属する個体とは交配しにくいので)集団全体ではランダムに交配しているとはいえない。したがって,Dは集団構造の有無を調べるために利用できる。
理学系研究科では,分集団化している集団において自然選択がはたらいているといった,Dの値に影響を与える要因が同時に複数ある場合について研究がなされている。 」 )

このテキストでは、この章の記載内容は、これ以降は、ほぼ下記のY染色体ハプログループとミトコンドリアDNAに焦点を宛てた古い論文に依拠している。よって省略する。下記論文(引用数は700以上)を読んでみること。

以下は、このテキストでは、下記論文から、図までそのまま引用している


HENRY C. HARPENDING,MARK A. BATZER,,MICHAEL GURVEN,LYNN B. JORDE,ALANR.OGERS, AND STEPHEN T. SHERR
1997年に出された



著者のピーター・リトルは、オーストラリアのニューサウスウェールズ大学教授で分子遺伝学者。内容は少し古いだけである。

①韓国人どもは知能とほぼ確実に関係しているIGF2R遺伝子に関して極めて大量の韓国人ども固有の変異を有している

②FDA論文が抽出した韓国人ども固有の遺伝子変異リストを使えば、朝鮮人どもを全滅させる遺伝子攻撃兵器の開発は、アメリカであれば比較的簡単であろう。FDA論文の執筆意図はいくら調べてわからい。オバマ政権下で書かれた論文であり、北朝鮮問題の解決のために、朝鮮人ども固有の遺伝子変異をリストアップした=遺伝子攻撃兵開発の下準備の可能性は低いのでは?

しかし、北朝鮮問題の対応議論時において、アメリカ政府高官の誰かが

「我々は、核兵器以外にも北朝鮮を全滅させるオプションを有しているべきである。何故なら、戦略核兵器は事実上使用困難だからだ。北朝鮮は、遺伝学の観点からは、ほぼ完全な閉鎖状態にあり、遺伝子攻撃兵器の攻撃対象として最も適切な状況にある。我々の机の上には全ての選択肢が必要だ!即ち、北朝鮮問題解決為の遺伝子攻撃兵器というオプションも加えるべきだ!」

という感じの主張を行った可能性は否定できない。
でなければ、FDA毒物研究センターがほぼ全力を挙げて朝鮮人固有の変異を有する遺伝子を異常なくらい慎重にリストアップするはずがない。

FDA論文作成には、相当の(機会)費用がかかっており、明らかに組織的に動いて書かれた論文であり、予算獲得の必要性がある

P47 (DNA中の遺伝子数についての記述)
ヒトゲノム計画によって
さらに2004年10月には再検討の結果、2万数千であると報告された

P71
遺伝子制御タンパク質の中で、最もよく研究されているのは、Hoxタンパク質と呼ばれているものである

P73
ハエは9つのHox遺伝子を持っているが、ヒトは少なくとも38個のHox遺伝子を持ってる
(Hox遺伝子は、ホメオティック遺伝子とも言う)

P104
遺伝学の専門用語では、遺伝子に近いV領域は、遺伝子にリンクしているという。そしてこのような解析法はしばしばリンケージ解析と呼ばれる。リンケージ解析には二つの方法がある。各世代にわたって病原遺伝子を伝えてきた家計を調べる、縦方向のつながり解析と、同じ病気や体質を持った兄弟姉妹のペアの調査による横方向のつながりの解析である

法 之 より
「ヒる」

P108
遺伝子の変異を特定する第一段階では、まず変異を含むDNAの領域を特定する
遺伝子領域を特定することと、遺伝そのものを決定することの間には、決定的な違いがある。二つ以上の遺伝子が原因となって起こる病気や症状についてその遺伝子の位置を決めることは実はとんでもなく複雑でむづかしい

P167
私たちを決める方程式は次のような簡単な形をしている。(遺伝子変異)+(環境)=(私たち)

ケント・E・ホルジンガーがウェブ上で公表している集団遺伝学テキストからもっともらしくカッコよく書くと次のとおり。
Chapter 18
Introduction to quantitative genetics
Var(P) = Var(G) + Var(E)
where Var(P) is the phenotypic variance, Var(G) is the genetic variance, and Var(E) is the environmental variance

P181
彼らのCCR5遺伝子には32塩基分の欠損があったのだ。
ウィルスが細胞に侵入できないため、HIVに感染しなかったのである。
身体に悪影響はないらしい
CCR5の欠損は実はとてもありふれた変異であることが分かった
フィンランドでの調査によれば、およそ16%の人のCCR5遺伝子に32塩基の欠損が見られた

ウィキペディアより。両親とも変異がなければ耐性を有しない。
CCR5の遺伝子にCCR5-Δ32として知られている変異を持つ集団がいる。この突然変異ホモ接合体のキャリアである人々は、CCR5 指向性(従来いわれるところの「マクロファージ指向性」)のHIV-1感染に耐性を持つ」

P199
MHC遺伝子に含まれる変異は、人間が主として生き延びていくのにとても重要な役割を担っている

薬学用語解説より

MHC(major histocompatibility complex)

外来または非自己組織の拒絶に関与する遺伝子領域をMHCと呼び,ヒトではHLA(human leukocyte antigen),マウスではH2,ヒツジではOLAと名付けられている.このMHCはMHC抗原を規定する.MHC抗原は,細菌,ウイルスなどの外来または非自己抗原由来のペプチドと結合し,T細胞に抗原提示することにより,T細胞の活性化を誘導し,これらの外来抗原を非自己と認識し,攻撃・破壊させる.つまり,MHCは個体の恒常性維持という重要な意義を持っている.


P230
ユダヤ人の中によくみられる遺伝子変異である
テイ・サックス病
ユダヤ人以外の人に比べて100倍多いのである

P232
あと何世代かのうちには集団によって異なる遺伝子変異の分布を持っていたという私たちの過去の歴史は永遠に失われてしまうだろう。現時点で遺伝子的な均質化現象を免れている人々は、物理的に隔離されている人々か、ある集団内に住んでいて、その内部だけで結婚相手を選んでいる人々だけである。

(日本人はまさしくあてはまる)

P247
遺伝学者は一方で民族的な分類は無効だと言いながら、他方では薬の検査をするのに必要だと主張している

P249
民族兵器
ある特定の集団だけに見られる遺伝子変異が見つかったとすれば、全く新しい利用法があるという議論がなされている。その中で最も不吉なものは、民族兵器の製造である。ある特定の嫌いな人々の集団にだけ効果を発揮するように設計された薬や化学物質、病原菌を開発するのである

(翻訳では民族兵器と訳しているが、Ethnic bioweaponのことである。)

P533
民族兵器 実際上不可能
現在のところ人の細胞でウィルスの入り口として使えるタンパク質はほとんど知られていない。そして、私の知る限り、民族・人種によって、そのようなたんぱく質に特異的な変異が見られることは全くない。

この著作では、知能の低下に関係する遺伝子として、次のものを挙げている
FMR-1遺伝子
【FDA論文のadditional file7で検索すると、SNV1のNSが1】
HPRT遺伝子
【FDA論文のadditional file7で検索すると、SNV1のHPRT1が7、HPRT3が3】
PAH遺伝子
【FDA論文のadditional file7で検索すると、SNV1が64、HPRT3が3】

また、「強姦殺人魔のマウスと暴力の話」と小見出しをつけて、NOS遺伝子が全くないマウスは、他のマウスを殺し、かつ、射精後も繰り返し交尾しようとするとしている

P301
一部の暴力的なヒトの体で起こっていることをちゃんと理解できるようになるかもしれない。現在は、某欲的な行動と関係している可能性が高いNOS遺伝子の変異が人にもあるという証拠はまだ見つかっていない

(これに続いて、MAOA遺伝子について書いているが、著者は詳しく知らないようで、欠失変異についてのみ記述している。私の方が良く知っている。ただし、私の方がこの本出て以降の多数のMAOA遺伝子の新しい論文読んだことによるが・・・)

P322
脳内のセロトニン量は、ヒトの気分と行動に決定的な影響を及ぼす
ヒトDNAに2種類(ロング型とショート型)の5-HTT遺伝子が発見されたとき、それは大変な衝撃だった。
ショート型の遺伝子変異を持っている人の方が、脳細胞で分泌されたセロトニンがたくさん残ることになり、恐らくこれが不安感を大きくしていると考えられる

P327(DRD4遺伝子について)
ドーパミンは人の幸福感を刺激し、動物では探検したがるなどの行動を促す

P337
遺伝子に関する大きな誤解は、遺伝子が単独で働いていると考えてしまうことである。現実はそうではない

この記述は本当に大事だ!忘れるな!著者は本物の遺伝学者だ

P338
これまで述べてきた行動についての研究は、ほとんどすべてのばあにおいて、遺伝子変異より周りとの相互作用、つまり経験の方が重要であることをはっきりと示している

P353
ヒトの間のIQの差は30~70%が遺伝子変異によると考えられている

その後、著者は知能と関係がある遺伝子候補として、IGF2R遺伝子を挙げている















遺伝子の数を500万とするなどいかんせん内容が古すぎる。

P20
20種類のアミノ酸 ()内はアミノ酸の3文字落号と1文字略号を表す

amino


P81
*違うアミノ酸に置換される(ミスセンス突然変異)
*アミノ酸の変化が全く起こらない(サイレント突然変異)
*終止コドンが生成する(ナンセンス突然変異)

上記がこの翻訳書の解説であるが、一般には、非同義変異nonsynonymous substitutionは、次の3タイプ。非同義変異=non-silent mutation、同義変異=silent mutationであり、同じ意味。FDAも朝鮮人DNAの事実上の異常性を明らかにした論文冒頭で注意深く両者の表現を用いている。
① Missense mutationミスセンス突然変異
nonsense mutationsナンセンス突然変異






済州島の歴史解説に近い内容。朝鮮の「史書」は、中国の「史書」と異なり、信頼性がないことがよくわかる。鳥越憲三郎氏は、朝鮮の「史書」を史実として記述している

はじめに
黄河流域にいた漢民族が畑作農耕民として、「土間式建物」であったのに対して、水稲農耕民の「高床式建物」は文化的に対照的なものである

殊に朝鮮半島から日本移住する者の大半は済州島の出身者で占めるが、

P2
朝鮮半島の中・南部、それはほぼ北緯38度線以南にあるが、そこには古く辰国(ジンググ)と称する国があった。その辰国は後に馬韓・辰韓・弁韓に分立するが、そのことについて「後漢書」
これらの記事から分かるように、三韓は古く「辰国」として統一されていた
三韓分立後も辰韓・弁韓は馬韓の王の支配下にあったことが分かる

P4
紀元前82年に、四郡合わせて楽浪郡と改称される

P10
日本人と祖先を同じくし、文化的にも同じ範疇に入る民族を「倭族」という新しい概念でとらえる説を提唱してきた

P18
「日本書紀」「古事記」ともに創世神話は中国思想によって粉飾され、そのために卵生神話は跡形もなく抹殺されてしまっている

P19
朝鮮半島には高句麗と百済、駕洛と新羅のそれぞれの国に、始祖についての卵生神話が伝えられている

P29
東アジアの倭族の中で、卵生神話を伝える最も古い文献は、「史記」
殷の始祖についての神話である

P129
実は百済の滅亡(663年)による亡命人が、665年に近江国(滋賀県)神前郡に400人、669年にも蒲生郡に700人余人が渡来して住み着いた

P165
高麗王朝の高宗18年(1231年)から同42年にかけて、孫のフビライは6回も高麗を熾烈に攻めた。その難を逃れて高麗は都を江華島に遷して耐えた。しかし同46年(1259年)ついに和を結んだが、

(事実は、無条件降伏であったであろう。朝鮮史の捏造は、この次元にも及んでいる。中国の史書の内容とは異なる)

P206
済州島では奇妙な事件が起こった。朝鮮王朝は儒教を国是としたが、それも実践派ではなく理論に拘泥する朱子学を基本とした。
儒者や政治家が配流の地とされた済州島に移された。


















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著者は、見開き裏ページによれば、「現代における世界史研究の第一人者」だそうだが2003年に亡くなっている。日本関係の部分を主にメモしておく。頭のいかれた「日本のネトウヨ」の人々が知れば大喜びするであろうが、著者の記述は正確であると認めざるを得ない。日本関係についての英語の種本がなければ、絶対に書けないレベルの記述で、歴史マニアの私ですら驚いた。

P114
16世紀にあるオランダ人が、「日本人は頭がよく、目にしたものは何でもすぐ修得する」と述べています。例えば日本人は中国人と対照的に、ヨーロッパの銃器の威力をすぐに理解し、まもなく自ら大量に製造するようになりました。またヨーロッパの時計は中国人にとっては玩具でしかありませんでしたが、日本人は間もなくヨーロッパ式の時計も作り始めました

P118
明治維新後の極めて急激な近代化の中でも、古い日本の伝統の大部分(おそらくもっとも重要な部分を含めて)は生き残ることになりました。これは近代日本における最大の謎の一つとされる点です

P123
日本は朝鮮半島近海に軍隊を出動させた後、1867年に朝鮮に不平等条約(江華条約)を結ばせます。ヨーロッパ諸国が武力で中国に圧力を加えたときと同じく、今度は日本が朝鮮に3つの港を開かせ、外交使節の駐在を認めさせたのです。日本国内には既にそれ以上のものを求める声もありました。過去の朝鮮半島侵略と半島沿岸で展開していたが海賊行為の成果を思い起こし、今また半島内に存在する豊かな鉱物資源と天然資源に注目し始めた人々がいたのです。政府はすぐにはそうした要求に屈しませんでしたが、結局、約30年後の1910年には朝鮮を併合することになります

P124
西欧諸国の日本に対する評価

西洋に伝えられた日本文化
1853年、日本は二百数十年ぶりに西洋人旅行者の入国を認めた。そのころ日本を訪れた西洋人は、日本文化の質の高さに驚嘆し、彼らが母国持ち帰った品物を通して、19世紀後半のヨーロッパにで日本文化が流行した。例えば、多くの女性が自宅で着物を着用し、ゴッホをはじめとする印象派の画家たちも日本の浮世絵から大きな刺激を受けた。やがて日本の伝統の一部が、外国人の目に日本の特徴として映るようななった。細やかな作法と簡素で美しい道具で知られる茶道や、歌舞伎、優美な芸者、ブドウなどがその代表的な例だった。

(同じ頃、朝鮮半島を訪れた者の紀行文との差に怖くなる。北朝鮮崩壊時に日本に確実に押し寄せてくる朝鮮半島の人々をどう処理するのか?)

P125
日露戦争
しかし日本の勝利にはそれ以上の意味がありました。中世以降初めてヨーロッパ以外の国がヨーロッパの国を大規模戦争において打ち破ったのです。その国際的な影響と波紋の大きさには計り知れないほどのものがありました

P127
アジアの転換点
当時のアジア諸国がヨーロッパ支配を受け入れる以外の可能性について考えることができたのは、日本の存在があったからに他なりません

P130
1901年の国勢調査によると、インドの人口は約3億人でした。これほどの巨大な人口を持つ国をわずか900人の白人の公務員が治めていたのです。

P130
イギリスのインド支配は、綿密に作成された政策によって支えられていました。まずインド大反乱以降、インド人社会にできる限り干渉しないことがイギリス政府の大きな基本方針となりました。女児を間引きする習慣は禁止したものの、インドで一般的だった一夫多妻制や、幼女婚(成人男性と幼女との結婚)は禁止しませんでした。(ただし、1891年に妻が12歳になるまで性交渉は行ってはならないことが法律で定められました)

P145
インドシナ半島はフランスの一部であり、住民はフランス市民であるという政治的な建前は、フランス側にとっても大きな問題となりました。

(日本の朝鮮統治と全く同じである。ベトナム人は朝鮮人と非常に似ているが、集団遺伝学から見て、一塩基変異に関して、少なくとも、朝鮮人と異なり、「変なデータ」はないはずだが、探してみよう。ゴバチャオは、フイールズ賞受賞してる。朝鮮人との結果データの明確な違い)

P192
けれども1900年の時点では、フランスがイギリスと同盟を結ぶことなど、全く考えられない話でした。
(原因は、双方の植民地をめぐる利害対立だそうだ)


P216
1917年の恐怖
泥の中をわずか8キロメートル前進するために40万ものイギリス遠征軍兵士が命を落とし、イギリスの国民感情はいやしがたい傷を負うことになったのです


P218
「ソビエト」とはもともと、「会議」という意味のロシア語でしたが、


ケント・E・ホルジンガーがウェブ上で公表している集団遺伝学テキストから抜粋。

Chapter 31
Patterns of selection on nucleotide polymorphisms

We’ve now seen one good example of natural selection acting to maintain diversity at the molecular level, but that example involves only a pair of alleles. Let’s examine how selection operates on a more complex polymorphism involving many alleles and several loci, specifically the polymorphsims at the major histocompatibility complex (MHC) loci of vertebrates.

MHCは、主要組織適合遺伝子複合体と訳されている。以下はwikipediaから抜粋
「遺伝子領域においてMHCをコードする遺伝子のこととして明記したい場合には、「MHC領域」[6]、「MHC遺伝子」[7]などと表現する場合もある。
MHC分子は、ほとんどの脊椎動物が細胞に持ち、ヒトのMHCはヒト白血球型抗原 (HLA)、マウスのMHCはH-2 (histocompatibility-2)、ニワトリではB遺伝子座 (B locus) と呼ばれる。

ヒトMHC (HLA) 遺伝子は6番染色体短腕上に、マウスMHC (H-2) は17番染色体上に存在し、ヒトでは224もの遺伝子(128の機能的遺伝子と96の偽遺伝子)を
含む360万塩基対にも及ぶ巨大な複合的遺伝子領域である[25]。1999年にヒトMHC遺伝子の全塩基配列と遺伝子地図が解読された。 」

この章は、人間に限ればHLA抗原についてのものであり、私には不要で、完全に省略


Chapter 32
Tajima’s D, Fu’s FS, Fay and Wu’s H, and Zeng et al.’s E


So far we’ve been comparing rates of synonymous and non-synonymous substitution to detect the effects of natural selection on molecular polymorphisms. Tajima [87] proposed a method that builds on the foundation of the neutral theory of molecular evolution in a different way. I’ve already mentioned the infinite alleles model of mutation several times. When thinking about DNA sequences a closely related approximation is to imagine that every time a mutation occurs, it occurs at a different site.1 If we do that, we have an infinite sites model of mutation.

以下は、1989年に出された現在では引用数が12000もある下記論文の解説。集団遺伝学でのボトルネック効果の判定方法は、どうも田嶋文生Fumio Tajimaが最初に考え出したようだ

Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA polymorphism.

Tajima's Dとは、田嶋文生 [1] により発表され、彼の名にちなんで名付けられた統計的検定である。この検定の目的は、ランダムに進化(中立進化)するという理論上の過程を経たDNA配列とランダムでない進化の過程を経たDNA配列を区別することである。「ランダムでない進化の過程(non-random process)」とは、方向性選択(directional selection)・平衡選択(balancing selection,)、集団拡大・集団縮小、遺伝的ヒッチハイキング(genetic hitchhiking)・遺伝子移入(introgression)のことを指す」(上記は、論文内容の解説)

やはり、ホルジンガーが、その後の研究を含めて正しく解説しているようだ

Tajima’s D

数式は省略する。

Consider the value of D under following scenarios:

Neutral variation
If the variation is neutral and the population is at a drift-mutation equilibrium, then ˆ D will be statistically indistinguishable from zero.

Overdominant selection
Overdominance will allow alleles beloning to the different classes to become quite divergent from one another. δij within each class will be small, but δij between classes will be large and both classes will be in intermediate frequency, leading to large values of θπ. There won’t be a similar tendency for the number of segregating sites to increase, so θk will be relatively unaffected. As a result, ˆ D will be positive.

Population bottleneck
If the population has recently undergone a bottleneck, then π will be little affected unless the bottleneck was prolonged and severe.6 k, however, may be substantially reduced. Thus, ˆ D should be positive.

Purifying selection
If there is purifying selection, mutations will occur and accumulate at silent sites, but they aren’t likely ever to become very common. Thus, there are likely to be lots of segregating sites, but not much heterozygosity, meaning that ˆ θk will be large, ˆ θπ will be small, and ˆ D will be negative.

Population expansion
Similarly, if the population has recently begun to expand, mutations that occur are unlikely to be lost, increasing ˆ θk, but it will take a long time before they contribute to heterozygosity, ˆ θπ. Thus, ˆ D will be negative.

Tajima’s D以外は省略


ケント・E・ホルジンガーがウェブ上で公表している集団遺伝学テキストから抜粋。

Chapter 28
The neutral theory of molecular evolution

The neutral theory asserts that alternative alleles at variable protein loci are selectively neutral. This does not mean that the locus is unimportant, only that the alternative alleles found at this locus are selectively neutral.

By selectively neutral we do not mean that the alternative alleles have no effect on physiology or fitness. We mean that the selection among different genotypes at this locus is sufficiently weak that the pattern of variation is determined by the interaction of mutation, drift, mating system, and migration.

If populations of Colias are large and the differences in fitness associated with differences in genotype are large, i.e., if Nes > 1, then selection plays a predominant role in determining patterns of diversity at this locus, i.e., the neutral theory of molecular evolution would not apply. –

If populations of Colias are small or the differences in fitness associated with differences in genotype are small, or both, then drift plays a predominant role in determining patterns of diversity at this locus, i.e., the neutral theory of molecular evolution applies.

In short, the neutral theory of molecular really asserts only that observed amino acid substitutions and polymorphisms are effectively neutral, not that the loci involved are unimportant or that allelic differences at those loci have no effect on fitness.

The rate of molecular evolution

We’re now going to calculate the rate of molecular evolution, i.e., the rate of allelic substitution, under the hypothesis that mutations are selectively neutral.

# of substitutions/generation = (# of mutations/generation)×(probability of fixation)

λ = µ0p0 .

In a diploid population of size N, there are 2N gametes. The probability that any one of them mutates is just the mutation rate, µ, so

µ0 = 2Nµ .

If the current frequency of an allele is p0, what’s the probability that is eventually fixed? p0.

When a new mutation occurs there’s only one copy of it,2 so the frequency of a newly arisen mutation is 1/2N and

P0=1/2N

 we find
λ = µ0p0 = (2Nµ)(1/2N) = µ .

In other words, if mutations are selectively neutral, the substitution rate is equal to the mutation rate.

なるほど!なるほど!よくわかりやした!
Since mutation rates are (mostly) governed by physical factors that remain relatively constant, mutation rates should remain constant, implying that substitution rates should remain constant if substitutions are selectively neutral. In short, if mutations are selectively neutral, we expect a molecular clock.

Diversity in populations

 So in large populations we should find more diversity than in small ones, which is roughly what we do find. Notice, however, that here we’re talking about heterozygosity at individual nucleotide positions,5 not heterozygosity of halpotypes.

Chapter 29
Patterns of nucleotide and amino acid substitution


The genetic code

chapter29_1
上の表は、何回も見ていたが、この説明が簡潔で一番分かり易い。国立遺伝学研究所の斎藤教授もここまではっきり書いてなかった。
In some cases there is redundancy in the first codon position, e.g, both AGA and CGA are codons for arginine.

Thus, many nucleotide substitutions at third positions do not lead to amino acid substitutions, and some nucleotide substitutions at first positions do not lead to amino acid substitutions.

But every nucleotide substitution at a second codon position leads to an amino acid substitution. Nucleotide substitutions that do not lead to amino acid substitutions are referred to as synonymous substitutions, because the codons involved are synonymous, i.e., code for the same amino acid.

Nucleotide substitutions that do lead to amino acid substituions are non-synonymous substitutions.

Rates of synonymous and non-synonymous substitution

By using a modification of the simple Jukes-Cantor model we encountered before, it is possible make separate estimates of the number of synonymous substitutions and of the number of non-synonymous substitutions that have occurred since two sequences diverged from a common ancestor.

If we combine an estimate of the number of differences with an estimate of the time of divergence we can estimate the rates of synonymous and nonsynonymous substitution (number/time).

Table 29.3 shows some representative estimates for the rates of synonymous and non-synonymous substitution in different genes studied in mammals.
chapter29_1_1
ホルジンガーさんも書いてるが、哺乳類全てで、インターフェロン以外は、非同義変異に比べ同義変異は、圧倒的に多いのだ!「インターフェロンとは動物体内で病原体や腫瘍細胞などの異物の侵入に反応して細胞が分泌する蛋白質」だから、(=哺乳類は、病原体と何億年も戦ってきたから、)インターフェロンだけ非同義変異が多くなるのは当然だ!。今も人類はコロナウィルスと戦っている。

朝鮮人は、他集団に比べ非同義変異の比率が高いとFDAは、論文冒頭ではっきり書いている!詳細データをFDAは公表してない!何故、朝鮮人のみ、非同義変異の比率が他に比べて高い?なんで?。
一つの推測は、李朝朝鮮で疫病の流行が周期的にあったことが、水野氏の著作から明確なことだ。彼らは、便所ではなく野糞が習慣であったようだから、疫病の流行は、多分、野糞が大きく関与。
つまり、野糞→疫病の周期的流行→インターフェロンに非同義変異が多くなる→FDAが非同義変異が他の民族に比べて多いことを検出。これであれば、かなり無理もあるが、何とか説明がつくかもしれない?。でもY染色体の朝鮮人固有の変異比率の多さは説明不可能。FDA詳細データ公表しろ。わざと隠してるのか?FDAは、コロナウィルスの検査キットの緊急使用承認に際して「韓国なんて全然相手にしていない」感じだ。イギリスやカナダの会社へは、本社あてに許可だしているのに、韓国の会社へは、NY州の現地事務所代表(アメリカ人名)だった。うっかり見落としそうになった。まさかとは思うが、FDAの限られた者=上層部の人間だけが、「韓国人男性のDNAの質的異様性」を知っているのでまともに相手にしないのか?FDA公表しろ!でも、常識的に考えれば、確認してないが韓国の製薬会社がFDAへの新薬承認申請時に、偽造データを出したからだろう。

 The rate of non-synonymous substitution is generally lower than the rate of synonymous substitution.

This is a result of my “sledgehammer principle.”

Mutations that change the amino acid sequence of a protein are more likely to reduce that protein’s functionality than to increase it. As a result, they are likely to lower the fitness of individuals carrying them, and they will have a lower probability of being fixed than those mutations that do not change the amino acid sequence.

The second observation is more subtle. Rates of non-synonymous substitution vary by more than two orders of magnitude

It’s easy to imagine that just about any change in the amino acid sequence of such proteins will have a detrimental effect on its function.

Others, like interferons, are involved in responses to viral or bacterial pathogens. It’s easy to imagine not only that the selection on these proteins might be less intense, but that some amino acid substitutions might actually be favored by natural selection because they enhance resistance to certain strains of pathogens. Thus, the probability that a nonsynonymous substitution will be fixed is likely to vary substantially among genes, just as we observe.

Revising the neutral theory

So we’ve now produced empirical evidence that many mutations are not neutral. Does this mean that we throw the neutral theory of molecular evolution away? Hardly. We need only modify it a little to accomodate these new observations.

• Most non-synonymous substitutions are deleterious. We can actually generalize this assertion a bit and say that most mutations that affect function are deleterious. After all, organisms have been evolving for about 3.5 billion years. Wouldn’t you expect their cellular machinery to work pretty well by now?

• Most molecular variability found in natural populations is selectively neutral. If most function-altering mutations are deleterious, it follows that we are unlikely to find much variation in populations for such mutations. Selection will quickly eliminate them.

• Natural selection is primarily purifying. Although natural selection for variants that improve function is ultimately the source of adaptation, even at the molecular level, most of the time selection is simply eliminating variants that are less fit than the norm, not promoting the fixation of new variants that increase fitness.

• Alleles enhancing fitness are rapidly incorporated. They do not remain polymorphic for long, so we aren’t likely to find them when they’re polymorphic.

Chapter 30
Detecting selection on nucleotide polymorphisms

Detecting selection in the human genome

I’ve already mentioned the HapMap project [15], a collection of genotype data at roughly 3.2M SNPs in the human genome. The data in phase II of the project were collected from four populations:

• Yoruba (Ibadan, Nigeria)
•Japanese (Tokyo, Japan)
•Han Chinese (Beijing, China)
•ancestry from northern and western Europe (Utah, USA)

HapMapによって中立説は事実上は、葬り去られたのだ!!!
木村氏は、数式を提示したにすぎない!日本には木村氏の弟子筋が多すぎる。だから、世界の本流からは、外れる内容の遺伝学の教科書が多いんだ。
We expect genetic drift to result in allele frequency differences among populations, and we can summarize the extent of that differentiation at each locus with Fst.

If all HapMap SNPs are selectively neutral,5 then all loci should have the same Fst within the bounds of statistical sampling error and the evolutionary sampling due to genetic drift.

A scan of human chromosome 7 reveals both a lot of variation in individual-locus estimates of Fst and a number of loci where there is substantially more differentiation among populations than is expected by chance (Figure 30.2).

At very fine genomic scales we can detect even more outliers (Figure 30.3), suggesting that human populations have been subject to divergent selection pressures at many different loci [32].

chapter29_2



chapter29_3




























ケント・E・ホルジンガーがウェブ上で公表している集団遺伝学テキストから抜粋。

Chapter 27
Introduction to molecular population genetics

Before we delve any further into our study of molecular evolution, it’s probably useful to back up a bit and talk a bit about the types of data that are available to molecular evolutionists.
We’ve already encountered a couple of these (microsatellites and SNPs), but there are a variety of important categories into which we can group data used for molecular evolutionary analyses.

(wikipediaより。
マイクロサテライト(microsatellite)は、細胞核やオルガネラのゲノム上に存在する反復配列で、とくに数塩基の単位配列の繰り返しからなるものである。
縦列型反復配列(short tandem repeat; STR)あるいは単純反復配列(simple sequence repeat; SSR)とも呼ばれる。
MAOA遺伝子の反復回数がマイクロサテライトの典型的な例である。)

The physical basis of molecular variation

With the exception of RNA viruses, the hereditary information in all organisms is carried in DNA.
Ultimately, differences in any of the molecular markers we study (and of geneticallybased morphological, behavioral, or physiological traits) is associated with some difference in the physical structure of DNA,
and molecular evolutionists study a variety of its aspects.

(以下で、現代版遺伝マーカーとでも呼ぶべき全リストがあり、私には極めて重要な内容である)

Nucleotide sequence
 A difference in nucleotide sequence is the most obvious way in which two homologous stretches of DNA may differ. The differences may be in translated portions of protein genes (exons), portions of protein genes that are transcribed but not translated (e.g., introns, 5’ or 3’ untranslated regions), non-transcribed functional regions (e.g., promoters), or regions without apparent function.


Protein sequence
Because of redundancy in the genetic code, a difference in nucleotide sequence at a protein-coding locus may or may not result in proteins with a different amino acid sequence.

Secondary, tertiary, and quaternary structure
Differences in amino acid sequence may or may not lead to a different distribution of α-helices and β-sheets, to a different three-dimensional structure, or to different multisubunit combinations.


Imprinting
At certain loci in some organisms the expression pattern of a particular allele depends on whether that allele was inherited from the individual’s father or its mother.


Expression
Functional differences among individuals may arise because of differences in the patterns of gene expression, even if there are no differences in the primary sequences of the genes that are expressed

Sequence organization
Particular genes may differ between organisms because of differences in the position and number of introns. At the whole genome level, there may be differences in the amount and kind of repetitive sequences, in the amount and type of sequences derived from transposable elements, in the relative proportion of G-C relative to A-T, or even in the identity and arrangement of genes that are present. In microbial species, only a subset of genes are present in all strains. For example, in Streptococcus pneumoniae the “core genome” contains only 73% of the loci present in one fully sequenced reference strain [71]. Similarly, a survey of 20 strains of Escherichia coli and one of E. fergusonii, E. coli’s closest relative, identified only 2000 homologous loci that were present in all strains out of 18,000 orthologous loci identified

Copy number variation
Even within diploid genomes, there may be substantial differences in the number of copies of particular genes. In humans, for example, 76 copynumber polymorphisms (CNPs) were identified in a sample of only 20 individuals, and individuals differed from one another by an average of 11 CNPs.
It is worth remembering that in nearly all eukaryotes there are two different genomes whose characteristics may be analyzed: the nuclear genome and the mitochondrial genome. In plants there is a third: the chloroplast genome. In some protists, there may be even more, because of secondary or tertiary endosymbiosis. The mitochondrial and chloroplast genomes are typically inherited only through the maternal line, although some instances of biparental inheritance are known.



(以下にSNPs他のDNA分析に使用される指標の全リストがあり、極めて重要なため、全文コピペする。SNPとtandem repeatsしか知らなかったので驚いた)

Revealing molecular variation
The diversity of laboratory techniques used to reveal molecular variation is even greater than the diversity of underlying physical structures. Various techniques involving direct measurement of aspects of DNA sequence variation are by far the most common today, so I’ll mention only the techniques that have been most widely used.

Immunological distance
Some molecules, notably protein molecules, induce an immune response in common laboratory mammals. The extent of cross-reactivity between an antigen raised to humans and chimps, for example, can be used as a measure of evolutionary distance. The immunological distance between humans and chimps is smaller than it is between humans and orangutans, suggesting that humans and chimps share a more recent common ancestor.

DNA-DNA hybridization
 Once repetitive sequences of DNA have been “subtracted out”,4 the rate and temperature at which DNA species from two different species anneal reflects the average percent sequence divergence between them. The percent sequence divergence can be used as a measure of evolutionary distance. Immunological distances and DNA-DNA hybridization were once widely used to identify phylogenetic relationships among species. Neither is now widely used in molecular evolution studies.

Isozymes

Biochemists recognized in the late 1950s that many soluble enzymes occurred in multiple forms within a single individual. Population geneticists, notably Hubby and Lewontin, later recognized that in many cases, these different forms corresponded to different alleles at a single locus, allozymes. Allozymes are relatively easy to score in most macroscopic organisms, they are typically co-dominant (the allelic composition of heterozygotes can be inferred), and they allow investigators to identify both variable and non-variable loci.5 Patterns of variation at allozyme loci may not be representative
of genetic variation that does not result from differences in protein structure or that are related to variation in proteins that are insoluble.

RFLPs
In the 1970s molecular geneticists discovered restriction enzymes, enzymes that cleave DNA at specific 4, 5, or 6 base pair sequences, the recognition site. A single nucleotide change in a recognition site is usually enough to eliminate it. Thus, presence or absence of a restriction site at a particular position in a genome provides compelling evidence of an underlying difference in nucleotide sequence at that positon.

RAPDs, AFLPs, ISSRs
With the advent of the polymerase chain reaction in the late 1980s, several related techniques for the rapid assessment of genetic variation in organisms for which little or no prior genetic information was available. These methods differ in details of how the laboratory procedures are performed, buty they are similar in that they (a) use PCR to amplify anonymous stretches of DNA, (b) generally produce larger amounts of variation than allozyme analyses of the same taxa, and (c) are bi-allelic, dominant markers. They have the advantage, relative to allozymes, that they sample more or less randomly through the genome. They have the disadvantage that heterozygotes cannot be distinguished from dominant homozygotes, meaning that it is difficult to use them to obtain information about levels of within population inbreeding.6

Microsatellites
Satellite DNA, highly repetitive DNA associated with heterochromatin, had been known since biochemists first began to characterize the large-scale structure of genomes in DNA-DNA hybridization studies. In the mid-late 1980s several investigators identified smaller repetitive units dispersed throughout many genomes. Microsatellites, which consist of short (2-6) nucleotide sequences repeated many times, have proven particularly useful for analyses of variation within populations since the mid-1990s. Because of high mutation rates at each locus, they commonly have many alleles. Moreover, they are typically co-dominant, making them more generally useful than dominant markers. Identifying variable microsatellite loci is more laborious than identifying AFLPs, RAPDs, or ISSRs.

Nucleotide sequence
The advent of automated sequencing has greatly increased the amount of population-level data available on nucleotide sequences. Nucleotide sequence data has an important advantage over most of the types of data discussed so
far: allozymes, RFLPs, AFLPs, RAPDs, and ISSRs may all hide variation. Nucleotide sequence differences need not be reflected in any of those markers. On the other hand, each of those markers provides information on variation at several or many, independently inherited loci. Nucleotide sequence information reveals differences at a location that rarely extends more than 2-3kb. Of course, as next generation sequencing techniques become less expensive and more widely available, we will see more and more examples of nucleotide sequence variation from many loci within individuals.

Single nucleotide polymorphisms
In organisms that are genetically well-characterized it may be possible to identify a large number of single nucleotide positions that harbor polymorphisms. These SNPs potentially provide high-resolution insight into patterns of variation within the genome. For example, the HapMap project has identified approximately 3.2M SNPs in the human genome, or about one every kb [15].

As you can see from these brief descriptions, each of the markers reveals different aspects of underlying hereditary differences among individuals, populations, or species. There is no single “best” marker for evolutionary analyses. Which is best depends on the question you are asking. In many cases in molecular evolution, the interest is intrinsically in the evolution of the molecule itself, so the choice is based not on what those molecules reveal about the organism that contains them but on what questions about which molecules are the most interesting.
























ケント・E・ホルジンガーがウェブ上で公表している集団遺伝学テキストから抜粋。

Chapter 26
Association mapping: BAMD

 Bayesian Association with Missing Dataの頭文字をとって、BAMDとしている。

この章は、私には不要であるが、Bayesian methods for dealing with missing data problemsという論文読めばよくわかるかもしれない

 If we’re doing a multiple regression, we can’t include sample points where there are missing data, but if we dropped every individual for which we couldn’t score one or more SNPs, we wouldn’t have any data left. So what do we do? We “impute” the missing data, i.e., we use the data we do have to guess what the data would have been if we’d been able to observe it. BAMD does this in a very sophisticated and reliable way. As a result, we’re able to include every individual in our analysis and make use of all the data we’ve collected.14

(以下は本文ではなく、P200の注5)
BAMD is intended for the analysis of SNP data. Thus, the genotypes can be scored as 1, 2, or 3. Which homozygote is associated with genotype 1 doesn’t affect the results, only the sign of the associated coefficient.

今までに読んだ仏教関係書の中で、ダントツに秀でた内容である。

前書き
親鸞が生きた時代は、経典読誦や念仏は呪術であり、それによって現世利益を期待し、さらには往生極楽出来ると考えることが当たり前であった。

呪術が日常的に行われる中で親鸞は、悟りも正しい修行もない末法の世に生きていることを根拠に、もはや自己の努力による修行で成仏や往生を得ることはできないと説き、自力による成仏や往生を否定した。

そもそも彼らが生きた中世という時代は、呪術により利益を得ることが一般的であり、宗教にはそれこそが求められたのだから、そのような信仰を完全に排除することは無理である

P6
密教の呪術による病気治療
平安時代中期になると、密教の修法は、鎮護国家のためのみではなく、帰属によって延命安隠、病気治療といった私的な現世利益の為にも行われるようになった。10世紀以降の貴族の日記には、僧侶が病人の為に修法や加持を行い、モノノケを調伏する様子が数多く記録されている

P11
日本では、末法は釈迦の入滅から2千年後に到来するという天台宗の説が主流であった
源信は、「往生要集」の中で、阿弥陀仏がいかに末法の世にふさわしいか強調している
源信は、現世ではなく後世で成仏できるとする阿弥陀信仰は末法にふさわしいとし、他の信仰に対する阿弥陀信仰の優位を主張した

P12
理想的な臨終
「往生要集」には、極楽往生するにはどうすればよいかが記されている。念仏には二種類あり、一つは観想念仏、もう一つは称名念仏である。観想念仏は仏の姿や浄土のさまを心に思い描く念仏であり、称名念仏は「南無阿弥陀仏」と口称する念仏である。源信は平生に行う念仏に関しては、観想念仏を重んじた
源信は臨終時に唱える一回の念仏は、100年の間積んだ善行よりも優れているとし、とにもかくにも臨終時の念仏が重要であるとしている

P17
往生要集と貴族社会
往生要集は、極楽往生を願う天台僧には、いわば臨終のマニュアルとされた。
往生要集は貴族社会にも大きな影響を及ぼすことになる

P20
仏教への信仰が厚い国々には、現在でも、往生の為には臨終のその瞬間が最も大事だと考え、臨終行儀をしようとする老弱男女がおおくいる。

P24
法然は、観想念仏を劣行とみなし、称名念仏の実を極楽往生の為の行としたのである

P27
法然の教えの特徴の一つは、臨終時の念仏を特には重んじないことである

P29
法然が生きていた時代には、自力の行為である呪術にあらゆる場面で頼るのが当たり前とされていた。

P31
女性との性的な交わりを戒める不淫戒もあったが、あくまでそれは建前として捉えられ、実際に守る僧は少なかった。

P36
法然が死の床であえて円仁の袈裟を選んだとされる理由は、自身を天台僧だと認識していたからに他ならない

P81
親鸞は、
90歳の生涯を閉じたのであった

P86
法然は、念仏が最も重要であるものの、自力の行である作善などをしたければすればよいとする立場をとっていた。法然は他力をさほど強調せず、とにもかくにも念仏を唱えることが大事だとしたのである。それに対し、親鸞は、自力の行は阿弥陀仏の誓願を疑っていることになるので、あくまでも他力に徹するべきであるとした。他力の「他」は阿弥陀仏をさす

P95
親鸞は教団の形成や寺院の建立を意図していなかった。ただひたすらに自身が信じる教えを布教したのみである

P102
親鸞は、呪術の効果そのものを否定したのではなく、あくまでもそれによる往生極楽を否定したのである。
親鸞は下級貴族の出身であり、

P127
親鸞の教えは難解であり門弟から多くの異議が出された。さらに、他力の信心を得るのは親鸞自身にとってさえむづかしかった。

P173
親鸞の曽孫覚如(1270~1351)は、大谷廟堂を寺院化し実質的な開祖となった人物である

P176
この時代には、いまだ浄土宗でさえ一つの宗派として認められていなかった。浄土真宗に関しては言わずもがなである

P196
本地垂迹説とは、仏を本地、神を垂迹と見なし、仏はこの世の人間を救うために神という仮の姿をとって現われたとする説である

P202
蓮如(1415~1499)
生誕時の本願寺は、同じ親鸞門流の仏光寺や専修寺の繁栄と裏腹にさびれていたようである。

P205
さらに寛正5年(1465)本願寺は、比叡山延暦寺によって討伐された。これを寛正の法難という

P237
現代の浄土真宗をこれほどまでに巨大化させた功績は蓮如に負うところが大きい

P251
家永三郎らによって、旧仏教と新仏教はカトリックとプロテスタントに対比され































































現在のウクライナが、15世紀には、リトアニア大公国であった点に驚いた
また、バルト3国は、自殺率が高いのは何故であろうか? 

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P9
リトアニアの首都は
19世紀から20世紀にかけては、その人口約16万人のうち7万~8万人がユダヤ人で、北のエルサレムと呼ばれるほどであった

P50
共通点がある一方、大きな文化的な相違が生み出された。それはリトアニア人がカトリックを信仰し続けたのに対して、ラトビア人とエストニア人は新教のルター派を信仰するようになっていった点である

P56
12世紀以来、西からバルト海東岸地域へ進出してきたドイツ人は、東からのロシアの新たな勢力の進出によって相対的な勢いを低下させたが、後世に残した政治的・経済的・文化的な影響の大きさは計り知れない

P60
リトアニアとポーランドのルブリン連合
その始まりは、リトアニアとポーランドが1569年に結んだルブリン連合(国家連合)であるが、

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P64
1569年のポーランドとの連合後、リトアニアは東中欧にいたユダヤ人の最も重要な入植地の一つになった
西欧でのユダヤ人迫害から逃れて当方へ移り住んできたユダヤ人の数は、18世紀末には約100万人と人口の約10%を占めるまでに増加した
ユダヤ人が人口の3分の一を占めるに至ったウ"ィリニュスは

P200
バルト3国の人々がソ連内で最低であったのは、出生率であった。理由としては、伝統的な晩婚、1955年に合法化された中絶、住宅の問題、高い離婚率(1970年末にはラトビアでは離婚率が50%近くにまで増加)などを挙げることができる


















有名ではない、学位を有する数学者による一般向けの数学者と現代数学の解説

P26
アルゴリズムとは、ある目標に向かう特定の連続したステップのことで、ケーキ作りで言えばレシピに相当するものである

P68 (脳の活動の研究結果から)
前頭葉は脳の言語中枢だと言える。

P99
私が知るかぎり数学を一行で定義した最高のものは、
数学はパターンの科学であるという定義だ

P108 
ユークリッドの原論で証明されているように 正多面体は次の5種類しかない。
正四面体(4つの同じ正三角形)、立方体(6つの同じ正方形)正8面体(8つの同じ正三角形)、正12面体(12個の同じ正5角形)、正20面体(20個の同じ正三角形)この場合には幾何学の法則の為に可能性の数が限られてしまうのである。壁紙のパターンについても同じようなことが起こり、幾何学の法則の為に可能性の数が17に制限される

P111
動物の毛皮のパターンも正多面体や壁紙のパターンと全く同様に、数学的法則に拘束されているという発見である

P169
数学者は皆まず間違いなくそうだと思うが、これにはかなりの集中力がいるので、外の世界を完全にシャットアウトしなくてはならない。この強い集中状態は数分間で終わることもあるし、何日も、あるいは何週間も続く場合もある























内容は正しいが、古い

P5
私は科学者としてのキャリアの大部分をカタツムリの研究に費やしてきた
25年前カタツムリは遺伝子を使ってその進化を研究できる数少ない動物の一つだった

P19
遺伝子の言葉は簡単なアルファベットで書かれている26文字ではなく、たった4文字のアルファベットだ。
AGCTという4つの塩基である
これらの塩基がCGTやTGCといった具合に3文字の単語を作る

P31
多くの遺伝病はX染色体によって運ばれる。女の子なら異常なX染色体をもっていても、同じX染色体の正常なコピーがあれば発病しない。男の子だとそうはいかない

P39
現代の遺伝学の大部分は変異の研究に他ならない

P47
16世紀のリスボンでは、人口の実に10分の一が黒人であった

P51
ミトコンドリアDNAは、約6万の塩基からなる環状のDNAである。

P66
メンデルを驚かしたであろう別の発見は、複数の形質を支配する遺伝子の発見である。たとえば、鎌状赤血球突然変異には、ありとあらゆる副作用を伴う。この突然遺伝子を2つもった人は、脳に障害を抱えたり、心臓病や骨格異常に苦しむこともある

P70
実は、女性のほぼすべての細胞では、2本あるX染色体のうちの一報は機能していないのである。遺伝学者メアリー・ライオンによって発見されたこの現象は、ライオ二ゼイションと呼ばれている

P80
DNAを調べるもう一つの道具はバクテリアから抽出した酵素である。バクテリアがウィルスに感染すると、ウィルスはバクテリアのDNAに入り込み、自分の遺伝子を作らせる。これに対してバクテリアは、外来のDNAを切断する酵素で対抗する

P81
切断されたDNA断片をバクテリアや酵母のDNAに挿入する様々な方法がある。DNAのクローニングをするのだ。
クローニングは、
現在ではPCR(ポリメラーゼ連鎖反応)と呼ばれる別の新たな発明がそれにとって代わろうとしている。PCRは、生体内でDNAを複製する酵素を使って人工的にDNA分子のコピーを作る方法である。
この酵素は温泉に住むバクテリアからとられたもので、高温でも安定している
PCRの発明者は、1993年にノーベル賞を受賞した。

P98
イギリスでは新生児の30人に一人は何らかの先天異常をもって生まれ、子供の入院の3分の一は遺伝病によるものだ

P107
何故遺伝子毎に固有の突然変異率があるのか、そもそもなぜこれほどまでに変異率にばらつきがあるのかについては全く分かっていない。

P121
オスの場合、確かにY染色体はX染色体と一緒に整列するが、両者の交流は決して熱心とは言えない。X染色体と遺伝情報を交換するのは、Y染色体の先端部分だけなのである。残りの部分は遺伝的に守られており、他の遺伝子からは手の届かないところにある。

P174
これらを総合すると、男性のみに見られるY染色体は、偶然の変化の重要性を非常によく示していることになる。

P258
アシュナケージの30人に一人は、テイーサックス病の遺伝子を持っている

P359
オスマン帝国では異国人間での結婚を奨励し、それによって優秀な人材を育てようという試みが行われていた








































スウェーデンが500年もフィンランドを支配していたにもかかわらず、今日、両者は遺伝的には全く別の集団である

P3
北欧ではバイキング時代は古代に属している。中世史はバイキング以後に始まる。またバイキング時代は800年頃から1000年頃までとしており、学校の教科書もこの分類に従っている

P7
911年、ノルマンディーの所領でバイキング海賊たちの海洋国家建設が始まり、ロロは最初のノルマンディー公となったわけである

P17
1100年頃には北欧3か国の大半はキリスト教化されていたようである

P20
1323年
フィンランド人は次第にキリスト教化されていくが、スウェーデンの一部としてスウェーデン国王の選出に参加する権利も与えられ、以降500年にわたってスウェーデンと準連合の形式で支配されるのである

P21
1350年頃に黒死病がスカンジナビアを襲った。その猛威でスウェーデンは当時の人口の3分の一、デンマーク、ノルウェーは2分の1を失ったという

P28(デンマークについて、カルマル同盟の上位者はデンマーク)
ここに北欧3国の連合が成立することになった。(1397年)
この強大なカルマル同盟は1523年のスウェーデンの分離まで126年間続く。しかしノルウェーとの同盟はそのまま維持され、1814年スウェーデンとの同君連合まで417年間も継続したのである

P59(スウェーデン王カール10世の武威により、領土の割譲が相次いだ結果)
デンマークの人口は今やスウェーデンの半分に減少してしまった。(
当時のスウェーデンの人口は約130万程度)sweden

P74(スウェーデンについて)
1730年の統治法が制定され、王権は極度に制限され、絶対王政は廃止された

P91
ナポレオン戦争はデンマークにとり一大災厄だった。この戦争でデンマークはノルウェーも艦隊も海上貿易もすべて失ってしまった

P95
ノルウェーはスウェーデンと同君連合に入り
1818年カール14世ヨハンとして王位に就いた
これにより現ベルナドッテ現王家が開かれることになった

P125
スウェーデンそれ自体がデンマークへの反乱によって独立を勝ち得た経緯がある。従って北欧政治史の展開はスウェーデンの独立(1523年)、ノルウェーの独立(1905年)、フィンランドの独立(1917年)にいたり、さらにアイスランドの独立(1944年)

P128
13,4世紀の北欧3国の人口は、デンマーク約100万、スウェーデン50万、ノルウェーも50万程度であった

P145(フィンランドについて)
フィンランド語がヨーロッパの言語と全く違う言葉であることはよく知られている。それはエストニア語やハンガリー語と同系の言葉であり、

P150(フィンランドについて)
17世紀後半まで大体40万人程度と推計されている

P153(フィンランドについて)
フィンランドはロシア支配下に組み込まれてしまった。1809年3月25日
アレクサンドル1世は、初代のフィンランド大公として













ケント・E・ホルジンガーがウェブ上で公表している集団遺伝学テキストから抜粋。

Chapter 24
Mapping Quantitative Trait Loci with R/qtl

 We’ll be using data from Sugiyama et al., Physiological Genomics 10:512, 2002 as distributed from http://www.rqtl.org/sug.csv

上記ファイルは、次の構成
 After the header rows (lines 1-3), each line provides the data for one mouse.
The first four columns contain phenotypic data: blood pressure, heart rate, body weight, and heart weight.
The next two columns contain an indicator for the sex of the mouse3 and an individual ID.
The remaining columns each correspond to markers (name on row 1, the chromosome on which they occur on row 2, and the map position on that chromosome on row 3).
The two letters correspond to the alleles inherited from BALB/cj or CBA/CaJ, B and C respectively.

http://www.rqtl.org/sug.csv

上記CSVファイルをダウンロードし、マウス(近交している)の

The QTL analysis

Now we begin scanning the genome to locate QTLs.

をプログラム使用で解析・グラフ化

私には必要ない内容であり、省略していい


Chapter 25
Association mapping: the background from two-locus genetics

One of the most important properties of a two-locus system is that it is no longer sufficient to talk about allele frequencies alone,
even in a population that satisfies all of the assumptions necessary for genotypes to be in Hardy-Weinberg proportions at each locus.

 Whenever the alleles covary within gametes

X11 = p1p2 + D
X12 = p1q2 −D
X21 = q1p2 −D
X22 = q1q2 + D ,

where D = X11X22−X12X22 is known as the gametic disequilibrium.
gametic disequilibriumの注として、下記が記載されている。連鎖不均衡よりも広い意味で用いられている。

Linkage disequilibrium、略称LD=連鎖不均衡は、wikipediaによれば、
「連鎖不平衡(れんさふへいこう、: Linkage disequilibrium、略称LD)とは生物の集団において、複数の遺伝子座の対立遺伝子または遺伝的マーカー(多型)の間にランダムでない相関が見られる、すなわちそれらの特定の組合せ(ハプロタイプ)の頻度が有意に高くなる集団遺伝学的な現象をいう。それらは一般には同じ染色体上にあって遺伝的連鎖をしているが、連鎖していても連鎖不平衡が見られない場合もあり、また例外的に別の染色体上で見られる場合もある。つまり遺伝的連鎖とは別の(連鎖している場合も含む)現象である。)」

なお、wikipediaの遺伝的連鎖の解説をメモしておく
「典型的な場合には各対立遺伝子は、他の遺伝子座位で対立遺伝子のどちらが遺伝するかには関係なく遺伝する(メンデルの独立の法則)。染色体減数分裂の際にランダムに分配されるから、遺伝子が別の染色体上にある場合には独立の法則が成り立つ。しかし同じ染色体上にある2つの対立遺伝子は一緒に遺伝しやすく、このときそれらは連鎖しているという。連鎖の現象はメンデルの法則再発見の直後、ウィリアム・ベイトソンレジナルド・パネットによって発見された。
連鎖不平衡

一般の生物の集団で特定の対立遺伝子の組合せが多く見出される例があり、これを集団遺伝学連鎖不平衡という。これは基本的には連鎖による。連鎖が親から子への遺伝情報の伝達における現象を記述しているのに対し、連鎖不平衡はある集団を観察したときにみられる属性であるという点が異なっている。


You will sometimes see D referred to as the linkage disequilibrium, but that’s misleading. Alleles at different loci may be non-randomly associated even when they are not linked.

chapter25_2

chapter25_1


この部分重要
Since each locus is subject to all of the conditions necessary for Hardy-Weinberg to apply at a single locus, allele frequencies don’t change at either locus. Furthermore, genotype frequencies at each locus will be in Hardy-Weinberg proportions. But the two-locus gamete frequencies change from one generation to the next.

If we can detect a statistical association between a marker locus and a phenotypic trait, it suggests that the marker locus and a locus influence expression of the trait are physically linked. So how do we detect such an association and why do I say that it suggests the loci are physically linked?8 Funny you should ask. That’s the subject of the next set of notes.



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